本蓮社以「華嚴」立名，所宗奉者為華嚴宗，茲先簡介華嚴宗源流，後述當代之繼承與開拓。
一、華嚴宗源流
華嚴宗乃我國佛教八大宗派之一，以《大方廣佛華嚴經》為一宗正依之根本經典，故名「華嚴宗」；以其大成於法藏賢首國師，故名「賢首宗」；全經以彰顯一真法界為主旨，故亦名「法界宗」；清涼國師著《華嚴大疏鈔》，發揮華嚴精義，故一名「清涼宗」。茲以崇重根本，故仍名「華嚴宗」。
依《大智度論》說，諸大乘經多是文殊師利菩薩之所結集。《華嚴經》為諸大乘經之首，當亦不能例外。釋迦牟尼佛滅度而後，賢聖隨隱，外道競興，世無大乘根器。《華嚴經》隱而不傳者六百餘年。迨龍樹菩薩出世，《華嚴經》方始流傳人間。
《華嚴經》由龍樹菩薩自龍宮誦出，更由佛陀跋馱羅、實叉難陀先後譯成華文。若論本宗遠祖，當推龍樹，且有以馬鳴、龍樹以及杜順等五大師而稱七祖者。但以宏傳《華嚴》為業，而有著作以發揮其精義，且為習慣上所共為認者五人，人稱「華嚴五祖」，是本宗之正統傳承。
初祖杜順和尚，根據《華嚴經》作法界三觀，以周遍含容之理，顯事事無礙之境。在各宗之觀法中，允稱獨步。二祖雲華和尚，法名「智儼」，又稱「至相尊者」，根據《六十華嚴經》作《搜玄記》，發明十重玄門，以總相、別相、同相、異相、成相、壞相之六相而混融之。更草創五教，為賢首國師判教之張本。三祖賢首國師，法號「法藏」，根據《搜玄記》更作《探玄記》二十卷。又作《華嚴一乘教義章》，判釋迦如來一代所說之教典為三時、五教，以華嚴之法界緣起、事事無礙為別教一乘，最為尊特。五教之規模至此已趨為完整。
《八十華嚴》梵本藏於于闐國，經唐武則天皇后專使請來，由實叉難陀尊者譯成華文。賢首國師既參譯場，並為之作疏。功未竣而圓寂。門人淨法慧苑，作《刊定記》，頗違師說。四祖清涼國師作《華嚴懸談》、《華嚴疏鈔》，總括大小乘、性、相、空、有，包羅萬象，不倚不偏；於華嚴要義，已發揮殆盡。華嚴宗之標識，如杲日在天，有目共見。五祖圭峰宗密大師祖述清涼，禪教並重。大師得力於《圓覺》一經。所作之《圓覺經》大小《疏鈔》，其思想體系，皆與清涼一貫。本宗至此，基礎鞏固。唐季佛教遭武宗會昌法難，本宗一蹶不振，至宋長水子濬及弟子晉水淨源等，出而保存之，餘緒賴以不墜。
元代普瑞大師會集澄觀大疏、演義鈔、懸談、諸疏等，編著《華嚴懸談會玄記》，乃集宋、元兩代華嚴之大成。明代憨山德清撰《華嚴綱要》，並有蓮池袾宏（華嚴雲棲法系）、三懷洪恩（華嚴雪浪法系）、不夜照燈（賢首寶通法系）、高原明昱（賢首兼慈恩法系）等明代四大華嚴宗傳法系人，闡揚華嚴宗旨，兼弘華嚴思想教義。
傳至清代，柏亭續法（1641-1728）深研杜順、法藏、澄觀祖師之義學思想，並大力弘揚華嚴教法、組織華嚴宗教觀體系，著如《賢首五教儀》、《五教儀科注》、《賢首五教儀開蒙》、《賢首五教斷證三覺揀濫圖》、《法界宗五祖略記》及《華嚴宗佛祖傳》等作品，其傳法弟子有培豐（1681-1751）、慈裔、正中、天懷等二十餘人。另有通理法師，著《五教儀開蒙增註》等，傳承未泯。
民國初年（1913），有月霞（1858-1917）和應慈（1873-1965）二老，於滬上創建「華嚴大學」，學子有持松、常惺、智光、靄亭等，皆能領其宗旨。應慈法師創華嚴學會於上海，專講三譯《華嚴》，一時學子四聚，南亭、隆泉、靈源等其傑出者。1949年大陸易幟，上海華嚴大學優秀學僧及後輩傳人諸師，承傳月霞、應慈二老「善弘華嚴」之教任，並隨時局因緣變遷，輾轉香江及寶島。堪稱近代振興華嚴宗的代表人物，而近現代華嚴宗之發展亦由此轉向嶄新的契機，華嚴教學的弘揚與法脈傳承之薪火，自此綿延不絕！
二、繼承與開拓
1952年南亭和尚創建台灣首座以華嚴為名的寺院，名「華嚴蓮社」。經智光、南亭二老，及成一和尚、賢度法師幾代人的奮力耕耘下，華嚴聖教宣揚和法脈薪傳，在華嚴蓮社、華嚴專宗學院、華嚴專宗研究所相繼成立、創辦後，從以往「兼弘賢首」轉向「專宗華嚴」的進路發展。而台北華嚴專宗學院的創辦，正是上海華嚴大學法統的延續，可謂華嚴大學在台復興。
成一長老於西元1993年，首度在台復傳華嚴宗法脈，延續雲棲法系二十六傳蓮池袾宏大師、三十傳柏亭續法和尚一脈之薪火，由華嚴蓮社受法門人續演字號。三十一傳培豐憶敏，上海華嚴大學月霞和尚為三十二傳，華嚴大學首屆受業門生智光常法、寂祥常惺等為三十三傳。自常惺法師下，再傳法嗣曇光清濟（南亭）為三十四傳，瑞定（成一）和尚接華嚴宗法為三十六傳，法名「聞虛」。今日華嚴蓮社所接續的華嚴宗法脈傳承，係根源於泰州光孝律寺常惺優祥和尚，故得於南亭和尚圓寂供讚「宗傳宣律，教演華嚴，戒乘俱急步前賢，道法廣流傳，興學濟貧，恩澤遍大千」，見曉近代律宗門庭兼繫華嚴法化傳承之情況。
2014年江蘇常熟興福寺方丈慧雲和尚秉承月霞老和尚「善弘華嚴」之遺訓，特地率團前來台北華嚴蓮社參訪，並向華嚴專宗學院暨研究所的豐碩成果請法、取經。此行雙方更簽署合作備忘錄，在月霞和尚致力弘揚華嚴宗派、創立華嚴大學及法界學院的基礎上，共同攜手延續華嚴法化之正統，共創華嚴弘化之願景，讓「華嚴本山」恢復其歷史定位、使命及價值。2015年進行「常熟興福寺法界學院華嚴研究所」的首屆開班授課事宜，另有「百年華嚴回顧論壇」和「海峽兩岸共同祭祖」等活動之開展，以期合力維持宗風於不墜。
華嚴蓮社自1952年創社至今，荷擔了中國近現代賢首聖教復興、宗門薪火傳衍之歷史使命。這一切的一切歸功於華嚴蓮社祖庭法系人，對於佛教革新、僧伽教育，以及華嚴法化弘傳，那份始終如一的熱忱與堅持。今專宗華藏莊嚴一脈而落地生根，並可預期在不久的將來，勢必進一步推動國際性華嚴法化與宗傳的發展態勢，清涼聖教於華嚴蓮社法系人之傳衍下，如日中天，光大普揚！