本蓮社創立於民國四十一年十二月二十一日。原址在台北市新生南路一段九十七巷九號，原只木造平房一幢，勉強作為臨時弘法佈教之所。由江蘇省鎮江焦山定慧寺退院智光和尚任導師，江蘇泰縣光孝寺退院南亭和尚任住持，嗣以鄰居喧鬧，不宜靜修，乃於四十三年夏，遷至濟南路二段四十四號現址，五十年再利用後院之花園空地，增建二層樓房一幢，底層充作正殿，供奉華嚴三聖像，二樓供奉西方三聖像，並作星期佛學講座之講堂。嗣後陸續購得臨沂街二十九巷十一、十三號兩間住宅，乃將前座濟南路房闢為佛堂講堂，後座臨沂街房合為宿舍廚房，前後打通連成一氣。

民國五十六年，南亭和尚為使蓮社傳之久遠，向政府登記為寺廟，化個人私產為佛教公物。（蓋本蓮社自始即為私建，從未向外募捐。）六十一年春初，南亭和尚以年事已高，難勝繁瑣，乃於農曆正月十六日，將住持職務，交予成一監院接任，自己專心從事清修、寫作。

同年五月，成一和尚完成變更登記，仍著私建，是年政府辦理寺廟總登記，堅不准作私建之登記，直至翌年四月，不得已勉以募建名義辦妥登記手續，市政府發給北市民寺登字第零伍零號證記證，民國六十二年，本蓮社左右近鄰興工改建，受其施工影響，地裂屋斜，又加當時世界經濟呈現危機，國內物價開始波動，惟恐存款貶值，乃決定提前申請全部改建，此時整個蓮社之土地共得二○六坪，依都市住宅區規定可建百分之六十。於六十三年一月領得一二○坪之建築執照，同年五月開工，經一年四個月，於六十四年八月竣工。所感美中不足者，成一和尚原擬改建為六層大樓，但受限建影響，只能暫建四層，但基礎結構仍按六層大樓設計。

六十五年七月完成擴建之變動登記。現在本蓮社實際是地上六層，地下二層。改建當時以三分之一不到的準備金，順利完成當時超過一千五百萬的建築。

限建解除後，蓮社已於六十九年又增建一層，現在本蓮社實際是地上五層，連地下室共六層。但在改建當時，能以不到三分之一的準備金（當發包時十足準備金只有四百餘萬元）而在非常冒險的情況下，順利完成超過一千五百餘萬元的建築，這固然是三寶的威德冥加，但諸方護法的熱心贊助，實在令人非常感動！尤其是趙朱懷芳居士的獨捐地磚，柴溪豐居士的獨捐玻璃，何蔡慧信居士的獨獻二樓大毘盧遮那主佛，李鴻超居士、吳長華居士、沈經熊居士、蔡陳甚居士、鄭黃慧淑、曹仲植、黃王惠民、張正揮、李本厚、謝文濤、孔憲歧、張若虛、祁慧悅、穆本能、余鳳尊、束東凱等居士，或獨捐鉅款，或協助勸募，或幫忙貨款，或奉獻勞力，這些位大護法，他們不只是出錢出力協助我們完成改建工作，更給我們最大的精神鼓舞，今謹於此一併敬致最高的謝意，並誌不忘！

然華嚴蓮社自創社以來，歷經數十寒暑，建築本身已老舊不堪，不禁風雨之侵襲，在第六任住持賢度法師魄力運作下，於八十四年二月十七日動工整修外觀及內部，迄六月中，工程已全部告峻。經過整修的蓮社，由內到外煥然一新，在外觀上，清新而莊嚴，內部更是令人有亮麗的感覺，這完全符合住持賢度法師於八十三年十月十四日陞座典禮由致答謝詞時所說的：將使蓮社成為一個擁有現代化設備，又不失傳統古風的弘修道場。將提供信徒一個更舒適的研修空間，也將更強化弘揚佛法的建設。